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对于常年发布健康资讯的朋友来说，TCGA、GEO等肿瘤数据库可能已经非常熟悉了。小云知道有些小书王已经开始写其他数据库的高分文章了，呵呵！小云也不甘落后。今天我们来看看一篇使用UCSC Xena数据库的高分文章！
UCSC Xena是TCGA数据二次开发的衍生网站。它支持数据分析功能和可视化。它还从GTEx、ICGC 和TARGET 等多个数据库收集公共数据。数据下载和处理简单易用。朋友们可以查看链接http://xena.ucsc.edu/！小云今天就用这篇37+的高分文章来跟大家学习一下！本研究探讨单一蛋白BNIP3影响肿瘤预后的分子机制。基于UCSC Xena下载的数据，利用R语言分析，对33个肿瘤中BNIP3表达差异、生存分析、临床相关性、微卫星不稳定性（MSI）和相关性分析进行综合运算，明确肿瘤突变负荷（TMB） 、肿瘤微环境和免疫细胞浸润。海量的工作量确实赢得了评审专家的认可！这些经典的字母生成操作的结果简直令人惊叹。常年做字母生成的小卷轴王可以尝试一下！这样的重演意义何其重大！ （ps：不知道如何选择创新话题的朋友可以来小云！这里有新鲜的热门话题，还有大量可复制的创新想法，有兴趣的朋友可以联系我！）。
标题：BNIP3 作为识别实体瘤预后和诊断的潜在生物标志物期刊：分子癌症影响因子：IF=37.2999 出版日期：2023 年8 月30 日研究背景腺病毒E1B 19kDa 相互作用蛋白3 (BNIP3) 是B 细胞A 线粒体淋巴瘤2（Bcl-2）超家族中的促凋亡蛋白，对于诱导肿瘤细胞凋亡以及调节肿瘤细胞线粒体自噬、凋亡等功能至关重要。在以往的研究中，BNIP3可以影响放疗和化疗的效果，也可以作为靶向治疗的生物标志物。然而，人们对BNIP3在肿瘤治疗中的分子机制知之甚少。
研究过程本研究利用多组学数据和R语言对33个泛癌肿瘤中BNIP3表达进行差异、生存、临床相关性、微卫星不稳定性（MSI）和相关性分析，以阐明肿瘤突变负荷（TMB）、肿瘤微环境和免疫细胞浸润。基于BNIP3的表达，探讨这些肿瘤中的分子机制，并通过蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）和基因富集分析（GSEA）进一步分析BNIP3的信号通路。最后，通过研究其信号通路涉及的分子，探索针对BNIP3的治疗方法，为肿瘤的诊断和治疗提供新思路。
主要结果：33种癌症中，23种BNIP3低表达，10种BNIP3极高表达（图1A），表明BNIP3的异常表达可能参与了多种恶性肿瘤的发生、发展。在森林图的预后分析中（图1B，C），BNIP3的低表达与10个肿瘤的总体分析（OS）和7个肿瘤的疾病特异性生存（DSS）相关，说明了BNIP3的预后意义。利用个体癌症的临床数据进行分析，Kaplan-Meier生存曲线结果显示，乳腺癌浸润性癌（BRCA）（P=0.017）和肉瘤（SARC）（P0.001）患者的不良预后与BINP3（图D-K）；透明肾细胞癌(KIRC) (P=0.005) 和低级别胶质瘤(LGG) (P0.001) 患者的预后不良与BNIP3 下调相关。 BNIP3 表达因阶段、年龄和性别而异（图1 L）。正如之前报道的，更明显的TMB和MSI表明肿瘤细胞产生更多的新抗原，这些新抗原可以被免疫细胞识别为外来物质，从而诱导抗肿瘤免疫反应。在BRCA和KIRC中，BNIP3表达与TMB和MSI显着正相关，也就是说，该肿瘤中BNIP3表达较高的患者也具有较高的TMB和较长的OS。相反，LGG 中的BNIP3 表达分别与TMB 和MSI 呈负相关和正相关。之前的一项研究报告称，TMB 与DNA 损伤/修复途径相关，TMB 水平越高，代表DNA 损伤水平越高。因此，对BNIP3表达与肿瘤微环境和免疫细胞浸润之间的相关性进行分析。在肿瘤微环境的相关性分析中，BNIP3表达与免疫和基质细胞水平呈正相关，在BRCA（r=-0.22，r=-0.29）、SARC（r=-0.17，r=-0.18）、LGG（ KIRC 呈正相关（r=-0.39，r=-0.31）；但KIRC 呈负相关（r=-0.061，r=-0.1）（图1O-V），表明BNIP3 上调与免疫细胞和基质细胞水平较低，肿瘤相关细胞纯度较高，可能导致患者生存期缩短。在免疫细胞浸润方面，BNIP3表达与免疫细胞，特别是肥大细胞显着相关。肥大细胞是先天性免疫细胞在对组织稳态和炎症很重要的组织中。肥大细胞增殖与某些病理状况有关，肥大细胞与多种健康和疾病状态相关。分析还证实BNIP3表达调节肥大细胞和肿瘤微环境，从而影响患者的生存。
图1 BNIP3在全癌临床肿瘤生物学中的表达及在BRCA、SARC、KIRC和LGG免疫微环境中的表达的预后BNIP3通过多种生物学过程在不同类型癌症的发生中发挥作用。作者使用GSEA 和维恩图分析来探索BNIP3 可能影响四种肿瘤肿瘤发生的潜在途径和基因。结果显示，BNIP3主要通过ncRNA 3'末端加工、snRNA加工、整合复合物、snRNA 3'末端加工、snRNA代谢过程和基因沉默6条途径调控BRCA和SARC的肿瘤发生（图2A-G）。此外，BNIP3主要通过UTR介导的mRNA、翻译起始的正向调节、翻译起始的调节、U2 snRNP、动脉形态发生的调节、突触前活性区的细胞质成分以及细胞外配体门控离子的抑制等发挥作用。通道活性影响KIRC 和LGG 的肿瘤发生、翻译激活剂活性、苯二氮卓受体活性和配体门控阴离子通道活性途径。进一步进行PPI分析，探讨BNIP3在肿瘤中作用的分子机制。 PPI网络揭示了BNIP3和组蛋白脱乙酰酶（HDAC）之间的相互作用，它们参与调节内皮细胞生理功能的几个核心过程，特别是血管生成、炎症信号传导和氧化还原稳态（图2H-I）。大多数内皮HDAC具有抗增殖功能，其中I类HDAC可以促进癌细胞的增殖。除了不同的外部刺激之外，外部应激源也会影响HDAC1 是否在促炎通路或抗炎通路中发挥作用。这一事实也在一定程度上解释了不同肿瘤中BNIP3高表达在肿瘤转移中发挥不同作用的现象，而肿瘤转移是癌症患者死亡的主要原因之一。因此，作者假设BNIP3 也与HDAC 相互作用并有助于癌细胞增殖和转移。在KIRC和LGG中，BNIP3低表达患者的预后较高表达患者差（图1B-C），并且KIRC不同亚组中男性和女性BNIP3表达存在差异（图1L） ）。 HDAC负责神经元的存活，而BNIP3可以通过线粒体自噬降解受损的线粒体来维持线粒体稳态，与肾细胞的存活和肾功能的稳定性有关。 BNIP3如何影响嗅觉通路并导致嗅觉功能的改变将在未来的研究中进一步探讨，作为诊断上述四种癌症的基础。嗅觉功能的改变可能受到多种因素的影响，包括环境因素和变化。因此，生物相关性研究并不意味着任何因果关系。同时，这项研究需要覆盖更广泛的人群，包括更广泛的癌症类型，包括不太流行的癌症类型，这是开发肿瘤检测方法和消除癌症治疗不平等的必要条件。在BNIP3 可以作为诊断生物标志物应用于临床之前，未来需要进行大样本验证。
图2 GSEA和维恩图以及PPI基因共表达挖掘BNIP3作为BRCA、SARC、KIRC和LGG的诊断分子标记
总结BNIP3 的大规模分析为肿瘤预后的潜在标志物提供了更全面的讨论，并为肿瘤治疗提供了可靠的分子机制。作者利用公共数据库挖掘分析了大量与肿瘤预后相关的分子机制。很多分析方法其实很好理解。在作者创新的设计框架下，所有的信息都融合在一起，BNIP3的研究非常透彻，因此其中一篇获得了37+的高分。有兴趣的朋友可以尝试一下，有疑问可以联系小云！如果您还在为生化分析缺乏思路而困扰，或者认为分析方法过于简单或过于守旧，想要创新思路，或者对单细胞分析、多组学联合分析等感兴趣。快来联系小云吧！小云持续为您带来最新的商业资讯创意。更多创新分析思路，请点击链接。需要转载或了解更多分析思路的朋友欢迎致电小云。小云在风雨中等你！
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