一、英语

清末时期，中国留学生大多主要学习英语。随着西方文明的兴起，英语作为国际交流的主要语言，受到了中国人的广泛关注。早在清末，曾有过大量的学生赴英国留学，以学习英语和西方文化。

此外，英语作为清末时期留学生的主要学习语言，在台湾、香港等地也得到了广泛的应用。台湾在清末就开始大规模地引进英语教学，并将英语作为官方语言，而香港也在清末时期就引进了英语，并将其作为官方语言。

二、法语

除了英语，清末时期，学习法语也是留学生的主要学习语言之一。当时由于清末前沿的变革，许多中国的学生都赴法留学，以学习法语和法国文化。

此外，清末时期，法语也在国内得到了广泛的应用。当时，法语被广泛应用于官方文书，政府文件等，其中以北京和上海为突出。

三、日语

清末时期，日语也是学习语言之一。随着中日关系的发展，许多中国学生都赴日留学，以学习日语和日本文化。此外，日语也在清末得到了国内的广泛应用，尤其是在商业场合中，日语得到了普遍的应用。

除了上述三种语言，清末还有一些学生学习其他外语，如德语、俄语等。这些外语也在清末时期得到了国内的应用，尤其是在科学研究方面，这些外语被广泛地应用于学术领域。

总之，清末时期，英语、法语、日语是留学生主要学习语言。英语作为国际交流的主要语言，受到了中国人的广泛关注，而法语和日语也在清末时期得到了国内广泛的应用。此外，还有一些学生学习其他外语，如德语、俄语等，也在清末时期得到了国内的应用。

清末时期，英语、法语、日语是留学生主要学习语言。随着西方文明的兴起，英语受到了中国人的广泛关注，而法语和日语也在清末时期得到了国内广泛的应用，尤其是在商业场合中，日语得到了普遍的应用。此外，其他外语如德语、俄语也在清末时期得到了国内的应用，尤其是在科学研究方面，这些外语被广泛地应用于学术领域。综上所述，英语、法语、日语是清末留学生主要学习的语言。